Для контроля температуры и влажности зерна, хранящегося внутри силоса, необходима система аэрации. В плоскодонных силосах используются центробежные вентиляторы для циркуляции воздуха.
В основании силоса должны иметься воздушные каналы, чтобы создаваемый вентилятором поток воздуха мог поступить внутрь силоса. Необходимое количество вентиляторов, вытяжки, расход воздуха и давление рассчитываются из параметров емкости, высоты и типа хранящегося внутри силоса зерна.